BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000111|10596
(10,596 letters)
Database: NAE000111.fasta
1 sequences; 10,596 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000111|10596|same 2.101e+04 0.0
>NAE000111|10596|same
Length = 10596
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Strand = Plus / Plus
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Sbjct: 10261 cgtcagccagaaagaaccgtaagaggtgaatgcggttaaaccgaaagtgttgcctttttt 10320
Query: 10321 gtactccagcagaccagcaaaaatttgcgcgatgccgccgtagaaaatgcccatggcaag 10380
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Sbjct: 10321 gtactccagcagaccagcaaaaatttgcgcgatgccgccgtagaaaatgcccatggcaag 10380
Query: 10381 aataataccgtccagagcgaaataacccacgttgtgcaggttaagcagaatggtggtcat 10440
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Sbjct: 10381 aataataccgtccagagcgaaataacccacgttgtgcaggttaagcagaatggtggtcat 10440
Query: 10441 gccgaagcccatcaggcccagcggtgccggattagccaacttagtgttgcccataattcc 10500
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Sbjct: 10441 gccgaagcccatcaggcccagcggtgccggattagccaacttagtgttgcccataattcc 10500
Query: 10501 tcaaaaatcatcatcgaatgaatggtgaaataatttccctgaataactgtagtgttttca 10560
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Sbjct: 10501 tcaaaaatcatcatcgaatgaatggtgaaataatttccctgaataactgtagtgttttca 10560
Query: 10561 gggcgcggcataataatcagccagtggggcagtgtc 10596
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Sbjct: 10561 gggcgcggcataataatcagccagtggggcagtgtc 10596
Score = 36.2 bits (18), Expect = 0.001
Identities = 18/18 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6300 cgctgatgcgcatcagcg 6317
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Sbjct: 6317 cgctgatgcgcatcagcg 6300
Score = 30.2 bits (15), Expect = 0.089
Identities = 32/35 (91%), Gaps = 2/35 (5%)
Strand = Plus / Minus
Query: 274 aaaaaagcccgcacctgaca-gtgcgggctttttt 307
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Sbjct: 307 aaaaaagcccgca-ctgtcaggtgcgggctttttt 274
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.35
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3690 tttgccggctggat 3703
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Sbjct: 10041 tttgccggctggat 10028
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.35
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4447 caaccagctggttg 4460
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Sbjct: 4460 caaccagctggttg 4447
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.35
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 10028 atccagccggcaaa 10041
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Sbjct: 3703 atccagccggcaaa 3690
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.5
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6290 gccagtttgtcg 6301
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Sbjct: 8470 gccagtttgtcg 8459
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.5
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5659 ccgcatccggca 5670
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Sbjct: 7092 ccgcatccggca 7081
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.5
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8459 cgacaaactggc 8470
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Sbjct: 6301 cgacaaactggc 6290
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.5
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 925 ggcgaactggtg 936
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Sbjct: 5718 ggcgaactggtg 5707
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.5
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7081 tgccggatgcgg 7092
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Sbjct: 5670 tgccggatgcgg 5659
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.5
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1064 cgaggttgttga 1075
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Sbjct: 2948 cgaggttgttga 2937
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.5
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2937 tcaacaacctcg 2948
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Sbjct: 1075 tcaacaacctcg 1064
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.5
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5707 caccagttcgcc 5718
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Sbjct: 936 caccagttcgcc 925
Database: NAE000111.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,596
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 121
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 121
Number of successful extensions: 31
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 14
length of query: 10,596
length of database: 10,596
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,582
effective length of database: 10,582
effective search space: 111978724
effective search space used: 111978724
T: 0
A: 0
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X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)