BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000131|9931
(9931 letters)
Database: NAE000131.fasta
1 sequences; 9931 total letters
Searching.done
Score E
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>NAE000131|9931|same
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Identities = 12/12 (100%)
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Query: 2383 gattttacgcat 2394
||||||||||||
Sbjct: 7498 gattttacgcat 7487
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Strand = Plus / Minus
Query: 6222 ggcgatatcgcc 6233
||||||||||||
Sbjct: 6233 ggcgatatcgcc 6222
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.8
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Strand = Plus / Minus
Query: 5642 cctggatccagg 5653
||||||||||||
Sbjct: 5653 cctggatccagg 5642
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.8
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Query: 1207 ttatgggggcgt 1218
||||||||||||
Sbjct: 4966 ttatgggggcgt 4955
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Strand = Plus / Minus
Query: 4571 atttatataaat 4582
||||||||||||
Sbjct: 4582 atttatataaat 4571
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Query: 7504 tgtggatatgga 7515
||||||||||||
Sbjct: 3886 tgtggatatgga 3875
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Strand = Plus / Minus
Query: 1170 ggtggcgctggaaaat 1185
||||||||||| ||||
Sbjct: 3384 ggtggcgctggcaaat 3369
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.8
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Strand = Plus / Minus
Query: 2724 aagcgtcataag 2735
||||||||||||
Sbjct: 2768 aagcgtcataag 2757
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.8
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Strand = Plus / Minus
Query: 2757 cttatgacgctt 2768
||||||||||||
Sbjct: 2735 cttatgacgctt 2724
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.8
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Strand = Plus / Minus
Query: 7487 atgcgtaaaatc 7498
||||||||||||
Sbjct: 2394 atgcgtaaaatc 2383
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.8
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Strand = Plus / Minus
Query: 4955 acgcccccataa 4966
||||||||||||
Sbjct: 1218 acgcccccataa 1207
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.8
Identities = 15/16 (93%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3369 atttgccagcgccacc 3384
|||| |||||||||||
Sbjct: 1185 attttccagcgccacc 1170
Database: NAE000131.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 9931
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 122
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 122
Number of successful extensions: 50
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 20
length of query: 9931
length of database: 9931
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effective length of query: 9917
effective length of database: 9917
effective search space: 98346889
effective search space used: 98346889
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S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)