BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000138|10551
(10,551 letters)
Database: NAE000138.fasta
1 sequences; 10,551 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000138|10551|same 2.092e+04 0.0
>NAE000138|10551|same
Length = 10551
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Strand = Plus / Plus
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Query: 10321 acatgtgaagacactaactgccaaagccctgcacaaataccgacggtgacacccgttgcc 10380
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Sbjct: 10321 acatgtgaagacactaactgccaaagccctgcacaaataccgacggtgacacccgttgcc 10380
Query: 10381 gtgagtccgttcatcttgttcccctctggttagacatggacgaaagctactcttacatgt 10440
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Sbjct: 10381 gtgagtccgttcatcttgttcccctctggttagacatggacgaaagctactcttacatgt 10440
Query: 10441 gcagactatagagaaataaaacctgattgagtgaaagggtatcgggtcaaagaaacaaat 10500
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Sbjct: 10441 gcagactatagagaaataaaacctgattgagtgaaagggtatcgggtcaaagaaacaaat 10500
Query: 10501 attgcactaccgcacactgcgaaaagattgttgaatattattcaacaaaaa 10551
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Sbjct: 10501 attgcactaccgcacactgcgaaaagattgttgaatattattcaacaaaaa 10551
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.35
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
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Sbjct: 9386 gattattaataatc 9373
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Sbjct: 8660 gacaatattgtc 8649
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
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Sbjct: 8142 tctgcgcgcaga 8131
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Strand = Plus / Minus
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Sbjct: 7753 catgaattcatg 7742
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
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Strand = Plus / Minus
Query: 3725 ctggctgccttc 3736
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Sbjct: 6736 ctggctgccttc 6725
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
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Strand = Plus / Minus
Query: 1769 ggaatatcaaac 1780
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Sbjct: 5517 ggaatatcaaac 5506
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
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Query: 6725 gaaggcagccag 6736
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Sbjct: 3736 gaaggcagccag 3725
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
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Query: 5506 gtttgatattcc 5517
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Sbjct: 1780 gtttgatattcc 1769
Database: NAE000138.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,551
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 79
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Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 9
length of query: 10,551
length of database: 10,551
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effective search space used: 111028369
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