BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000139|10089
(10,089 letters)
Database: NAE000139.fasta
1 sequences; 10,089 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000139|10089|same 2.000e+04 0.0
>NAE000139|10089|same
Length = 10089
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Strand = Plus / Plus
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Strand = Plus / Minus
Query: 4213 tgatcggcccga 4224
||||||||||||
Sbjct: 8730 tgatcggcccga 8719
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6425 gcaccaccatcc 6436
||||||||||||
Sbjct: 6991 gcaccaccatcc 6980
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6980 ggatggtggtgc 6991
||||||||||||
Sbjct: 6436 ggatggtggtgc 6425
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5597 aaggttttgtcg 5608
||||||||||||
Sbjct: 6386 aaggttttgtcg 6375
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6375 cgacaaaacctt 6386
||||||||||||
Sbjct: 5608 cgacaaaacctt 5597
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3635 cttctcgccgtg 3646
||||||||||||
Sbjct: 5364 cttctcgccgtg 5353
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
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Strand = Plus / Minus
Query: 2850 caccaatggcaa 2861
||||||||||||
Sbjct: 5074 caccaatggcaa 5063
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
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Strand = Plus / Minus
Query: 8719 tcgggccgatca 8730
||||||||||||
Sbjct: 4224 tcgggccgatca 4213
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3512 gccgatcacctg 3523
||||||||||||
Sbjct: 4220 gccgatcacctg 4209
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5353 cacggcgagaag 5364
||||||||||||
Sbjct: 3646 cacggcgagaag 3635
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4209 caggtgatcggc 4220
||||||||||||
Sbjct: 3523 caggtgatcggc 3512
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5063 ttgccattggtg 5074
||||||||||||
Sbjct: 2861 ttgccattggtg 2850
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9985 cgatattttgtt 9996
||||||||||||
Sbjct: 1284 cgatattttgtt 1273
Database: NAE000139.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,089
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 133
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 133
Number of successful extensions: 45
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 17
length of query: 10,089
length of database: 10,089
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,075
effective length of database: 10,075
effective search space: 101505625
effective search space used: 101505625
T: 0
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X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)