BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000156|10884
(10,884 letters)
Database: NAE000156.fasta
1 sequences; 10,884 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000156|10884|same 2.158e+04 0.0
>NAE000156|10884|same
Length = 10884
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Strand = Plus / Plus
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Sbjct: 10321 tgatgttactttccggcgaaacggtcaatgtcgcgatccgtaacggcaatgaagcggtat 10380
Query: 10381 taattggtcagttagagtgtaaatcgatggtcaggatgtgtgcgccactgggcagtcgtc 10440
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Sbjct: 10381 taattggtcagttagagtgtaaatcgatggtcaggatgtgtgcgccactgggcagtcgtc 10440
Query: 10441 tgccactgcatgcttccggtgcgggcaaagcgctgctttatccgctggcggaagaggagt 10500
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Sbjct: 10441 tgccactgcatgcttccggtgcgggcaaagcgctgctttatccgctggcggaagaggagt 10500
Query: 10501 tgatgagcatcattctgcaaaccggtttgcagcagtttacgccaactacgcttgtggata 10560
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Sbjct: 10501 tgatgagcatcattctgcaaaccggtttgcagcagtttacgccaactacgcttgtggata 10560
Query: 10561 tgcccaccttgctgaaggacctggaacaagcgcgtgaactgggctataccgtagataaag 10620
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Sbjct: 10561 tgcccaccttgctgaaggacctggaacaagcgcgtgaactgggctataccgtagataaag 10620
Query: 10621 aagagcatgttgtaggtctgaattgcatagcttcagcaatttacgatgatgtcggtagtg 10680
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Sbjct: 10621 aagagcatgttgtaggtctgaattgcatagcttcagcaatttacgatgatgtcggtagtg 10680
Query: 10681 ttgttgccgctatctccatctccgggccttcatcaagactgacagaagatcgttttgtca 10740
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Sbjct: 10681 ttgttgccgctatctccatctccgggccttcatcaagactgacagaagatcgttttgtca 10740
Query: 10741 gtcagggtgagctggtcagagacaccgcccgcgatatcagcacggcgttgggactgaaag 10800
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Sbjct: 10741 gtcagggtgagctggtcagagacaccgcccgcgatatcagcacggcgttgggactgaaag 10800
Query: 10801 cacatccataatgtctgtcgcatcccgctctgcggagcgggtttttttgacaaaatttga 10860
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Sbjct: 10801 cacatccataatgtctgtcgcatcccgctctgcggagcgggtttttttgacaaaatttga 10860
Query: 10861 aagttggaaaaattttccaataaa 10884
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Sbjct: 10861 aagttggaaaaattttccaataaa 10884
Score = 36.2 bits (18), Expect = 0.002
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Strand = Plus / Minus
Query: 10515 ctgcaaaccggtttgcag 10532
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Strand = Plus / Minus
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Sbjct: 10494 cttccgccagcggataa 10478
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Query: 1869 cagttgctggcgt 1881
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Sbjct: 8879 cagttgctggcgt 8867
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Query: 10478 ttatccgctggcggaag 10494
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Sbjct: 7861 ttatccgctggtggaag 7845
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Strand = Plus / Minus
Query: 8867 acgccagcaactg 8879
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Sbjct: 1881 acgccagcaactg 1869
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Strand = Plus / Minus
Query: 9844 ctgaccatcgat 9855
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Sbjct: 10414 ctgaccatcgat 10403
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Sbjct: 9855 atcgatggtcag 9844
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Strand = Plus / Minus
Query: 5418 aaaaagagatta 5429
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Sbjct: 8557 aaaaagagatta 8546
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Strand = Plus / Minus
Query: 8546 taatctcttttt 8557
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Sbjct: 5429 taatctcttttt 5418
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Query: 2715 ctgcaccgtgag 2726
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Sbjct: 4326 ctgcaccgtgag 4315
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.8
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Query: 4315 ctcacggtgcag 4326
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Sbjct: 2726 ctcacggtgcag 2715
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.8
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Query: 820 tgccgggtgctg 831
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Sbjct: 1846 tgccgggtgctg 1835
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.8
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Strand = Plus / Minus
Query: 1835 cagcacccggca 1846
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Sbjct: 831 cagcacccggca 820
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.8
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Strand = Plus / Minus
Query: 735 ccggatatccgg 746
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Sbjct: 746 ccggatatccgg 735
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.8
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 53 gatgaattcatc 64
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Sbjct: 64 gatgaattcatc 53
Database: NAE000156.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,884
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 112
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 112
Number of successful extensions: 40
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 16
length of query: 10,884
length of database: 10,884
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effective length of query: 10,870
effective length of database: 10,870
effective search space: 118156900
effective search space used: 118156900
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S2: 12 (24.3 bits)