BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000159|10133
(10,133 letters)
Database: NAE000159.fasta
1 sequences; 10,133 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000159|10133|same 2.009e+04 0.0
>NAE000159|10133|same
Length = 10133
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Strand = Plus / Plus
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Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6251 acatcaacgcct 6262
||||||||||||
Sbjct: 8555 acatcaacgcct 8544
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1349 ctgatttatttc 1360
||||||||||||
Sbjct: 8038 ctgatttatttc 8027
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6758 aagagtactctt 6769
||||||||||||
Sbjct: 6769 aagagtactctt 6758
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8544 aggcgttgatgt 8555
||||||||||||
Sbjct: 6262 aggcgttgatgt 6251
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9995 ctgaaccagtaa 10006
||||||||||||
Sbjct: 5612 ctgaaccagtaa 5601
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3024 ctgaaatttcag 3035
||||||||||||
Sbjct: 3035 ctgaaatttcag 3024
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8027 gaaataaatcag 8038
||||||||||||
Sbjct: 1360 gaaataaatcag 1349
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9397 gacattttcttt 9408
||||||||||||
Sbjct: 291 gacattttcttt 280
Database: NAE000159.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,133
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 85
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 85
Number of successful extensions: 29
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 13
length of query: 10,133
length of database: 10,133
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,119
effective length of database: 10,119
effective search space: 102394161
effective search space used: 102394161
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)