BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000175|15067
(15,067 letters)
Database: NAE000175.fasta
1 sequences; 15,067 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000175|15067|same 2.987e+04 0.0
>NAE000175|15067|same
Length = 15067
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Identities = 15067/15067 (100%)
Strand = Plus / Plus
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Strand = Plus / Minus
Query: 10658 cccgtaggcctgataag 10674
|||||||||||||||||
Sbjct: 15004 cccgtaggcctgataag 14988
Score = 34.2 bits (17), Expect = 0.012
Identities = 17/17 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 14988 cttatcaggcctacggg 15004
|||||||||||||||||
Sbjct: 10674 cttatcaggcctacggg 10658
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.71
Identities = 17/18 (94%)
Strand = Plus / Minus
Query: 10632 cgccttatccggcctaca 10649
||||||||||| ||||||
Sbjct: 15030 cgccttatccgacctaca 15013
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.71
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 14279 accgccatgctgac 14292
||||||||||||||
Sbjct: 14502 accgccatgctgac 14489
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.71
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 14489 gtcagcatggcggt 14502
||||||||||||||
Sbjct: 14292 gtcagcatggcggt 14279
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.71
Identities = 17/18 (94%)
Strand = Plus / Minus
Query: 15013 tgtaggtcggataaggcg 15030
|||||| |||||||||||
Sbjct: 10649 tgtaggccggataaggcg 10632
Database: NAE000175.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 15,067
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 182
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 182
Number of successful extensions: 13
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 11
length of query: 15,067
length of database: 15,067
effective HSP length: 14
effective length of query: 15,053
effective length of database: 15,053
effective search space: 226592809
effective search space used: 226592809
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 13 (26.3 bits)