BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000226|10466
(10,466 letters)
Database: NAE000226.fasta
1 sequences; 10,466 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000226|10466|same 2.075e+04 0.0
>NAE000226|10466|same
Length = 10466
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Identities = 10466/10466 (100%)
Strand = Plus / Plus
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Sbjct: 10261 cggcggaatgaaataacttttttgcgcgtcgacttccaggaagccaaagcctttttctgt 10320
Query: 10321 ggcttttaccaccccttcagcgcgtggcgtctgggaatgcagttgctgtttaagctgcgc 10380
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Sbjct: 10321 ggcttttaccaccccttcagcgcgtggcgtctgggaatgcagttgctgtttaagctgcgc 10380
Query: 10381 tagcagcgggttgtcctgaaacataattgtctattttggtggccattagagcggctgaca 10440
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Sbjct: 10381 tagcagcgggttgtcctgaaacataattgtctattttggtggccattagagcggctgaca 10440
Query: 10441 gttttacgcgaatctgtctgacgcgg 10466
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Sbjct: 10441 gttttacgcgaatctgtctgacgcgg 10466
Score = 52.0 bits (26), Expect = 2e-08
Identities = 26/26 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4482 aaagccacggatatatccgtggcttt 4507
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Sbjct: 4507 aaagccacggatatatccgtggcttt 4482
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.34
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5850 ttataacgttataa 5863
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Sbjct: 5863 ttataacgttataa 5850
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.4
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4 atttgcttgccgg 16
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Sbjct: 40 atttgcttgccgg 28
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.4
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 28 ccggcaagcaaat 40
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Sbjct: 16 ccggcaagcaaat 4
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1145 ctggctggaaaa 1156
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Sbjct: 9451 ctggctggaaaa 9440
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 773 aactggcgtttt 784
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Sbjct: 8372 aactggcgtttt 8361
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6269 gtttataccagc 6280
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Sbjct: 7181 gtttataccagc 7170
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2292 gcgtggcgaagt 2303
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Sbjct: 6939 gcgtggcgaagt 6928
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7170 gctggtataaac 7181
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Sbjct: 6280 gctggtataaac 6269
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
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Strand = Plus / Minus
Query: 2155 tcgcgtgattac 2166
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Sbjct: 5176 tcgcgtgattac 5165
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5043 cggatgatttgc 5054
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Sbjct: 5072 cggatgatttgc 5061
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5061 gcaaatcatccg 5072
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Sbjct: 5054 gcaaatcatccg 5043
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
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Strand = Plus / Minus
Query: 1916 gcctgttctggc 1927
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Sbjct: 4041 gcctgttctggc 4030
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6928 acttcgccacgc 6939
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Sbjct: 2303 acttcgccacgc 2292
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5165 gtaatcacgcga 5176
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Sbjct: 2166 gtaatcacgcga 2155
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4030 gccagaacaggc 4041
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Sbjct: 1927 gccagaacaggc 1916
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9440 ttttccagccag 9451
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Sbjct: 1156 ttttccagccag 1145
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8361 aaaacgccagtt 8372
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Sbjct: 784 aaaacgccagtt 773
Database: NAE000226.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,466
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 97
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 97
Number of successful extensions: 25
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 19
length of query: 10,466
length of database: 10,466
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,452
effective length of database: 10,452
effective search space: 109244304
effective search space used: 109244304
T: 0
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X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)