BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000228|10344
(10,344 letters)
Database: NAE000228.fasta
1 sequences; 10,344 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000228|10344|same 2.051e+04 0.0
>NAE000228|10344|same
Length = 10344
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Strand = Plus / Plus
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Query: 10201 gaaaatgttgctggctgtggcgctggaaccgctgttaagtcgggctgctaataaactggc 10260
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Sbjct: 10201 gaaaatgttgctggctgtggcgctggaaccgctgttaagtcgggctgctaataaactggc 10260
Query: 10261 acagcgttataaaaggtgaggggagtttcgcaaaaattgttaaatctcaggcgtataatg 10320
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Sbjct: 10261 acagcgttataaaaggtgaggggagtttcgcaaaaattgttaaatctcaggcgtataatg 10320
Query: 10321 gatggcaattttcatccatagaag 10344
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Sbjct: 10321 gatggcaattttcatccatagaag 10344
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1358 ggccgggaaata 1369
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Sbjct: 7913 ggccgggaaata 7902
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3574 gcgtcgatatcg 3585
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Sbjct: 4123 gcgtcgatatcg 4112
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3576 gtcgatatcgac 3587
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Sbjct: 3587 gtcgatatcgac 3576
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4112 cgatatcgacgc 4123
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Sbjct: 3585 cgatatcgacgc 3574
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7902 tatttcccggcc 7913
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Sbjct: 1369 tatttcccggcc 1358
Database: NAE000228.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,344
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 112
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 112
Number of successful extensions: 42
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 6
length of query: 10,344
length of database: 10,344
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,330
effective length of database: 10,330
effective search space: 106708900
effective search space used: 106708900
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)