BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000230|10118
(10,118 letters)
Database: NAE000230.fasta
1 sequences; 10,118 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000230|10118|same 2.006e+04 0.0
>NAE000230|10118|same
Length = 10118
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Strand = Plus / Plus
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Sbjct: 4733 tatttttcgctgg 4721
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3680 aaccgttaaaac 3691
||||||||||||
Sbjct: 10053 aaccgttaaaac 10042
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9018 ttttcatgaaaa 9029
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Sbjct: 9029 ttttcatgaaaa 9018
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5480 tcagcgccttca 5491
||||||||||||
Sbjct: 7803 tcagcgccttca 7792
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7706 tcctgcgcagga 7717
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Sbjct: 7717 tcctgcgcagga 7706
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7585 gcacagctgtgc 7596
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Sbjct: 7596 gcacagctgtgc 7585
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7792 tgaaggcgctga 7803
||||||||||||
Sbjct: 5491 tgaaggcgctga 5480
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4311 atcaacgttgat 4322
||||||||||||
Sbjct: 4322 atcaacgttgat 4311
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3774 gcaaaattttgc 3785
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Sbjct: 3785 gcaaaattttgc 3774
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 10042 gttttaacggtt 10053
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Sbjct: 3691 gttttaacggtt 3680
Database: NAE000230.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,118
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 69
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 69
Number of successful extensions: 29
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 13
length of query: 10,118
length of database: 10,118
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,104
effective length of database: 10,104
effective search space: 102090816
effective search space used: 102090816
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)