BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000241|10160
(10,160 letters)
Database: NAE000241.fasta
1 sequences; 10,160 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000241|10160|same 2.014e+04 0.0
>NAE000241|10160|same
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Sbjct: 1897 accgataacgccttc 1883
Score = 30.2 bits (15), Expect = 0.082
Identities = 15/15 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1883 gaaggcgttatcggt 1897
|||||||||||||||
Sbjct: 298 gaaggcgttatcggt 284
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2291 tgcgctggtgga 2302
||||||||||||
Sbjct: 9368 tgcgctggtgga 9357
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2256 atgagtacgctt 2267
||||||||||||
Sbjct: 7551 atgagtacgctt 7540
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6289 ttcggcaaaaac 6300
||||||||||||
Sbjct: 7068 ttcggcaaaaac 7057
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7057 gtttttgccgaa 7068
||||||||||||
Sbjct: 6300 gtttttgccgaa 6289
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1638 aaaaccgccaca 1649
||||||||||||
Sbjct: 4681 aaaaccgccaca 4670
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9357 tccaccagcgca 9368
||||||||||||
Sbjct: 2302 tccaccagcgca 2291
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7540 aagcgtactcat 7551
||||||||||||
Sbjct: 2267 aagcgtactcat 2256
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4670 tgtggcggtttt 4681
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Sbjct: 1649 tgtggcggtttt 1638
Database: NAE000241.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,160
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 106
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 106
Number of successful extensions: 26
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 12
length of query: 10,160
length of database: 10,160
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,146
effective length of database: 10,146
effective search space: 102941316
effective search space used: 102941316
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)