BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000244|10221
(10,221 letters)
Database: NAE000244.fasta
1 sequences; 10,221 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000244|10221|same 2.026e+04 0.0
>NAE000244|10221|same
Length = 10221
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Identities = 10221/10221 (100%)
Strand = Plus / Plus
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Query: 9643 ttcatgccggatgcggcgtgaacgccttatccggcatgaa 9682
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Sbjct: 9682 ttcatgccggataaggcgttcacgccgcatccggcatgaa 9643
Score = 32.2 bits (16), Expect = 0.021
Identities = 34/40 (85%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9465 ttcatgccggatgcggcgtgaacgccttatccggcatgaa 9504
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Sbjct: 9504 ttcatgccggataaggcgttcacgccgcatccggcatgaa 9465
Score = 32.2 bits (16), Expect = 0.021
Identities = 34/40 (85%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9643 ttcatgccggatgcggcgtgaacgccttatccggcatgaa 9682
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Sbjct: 9504 ttcatgccggataaggcgttcacgccgcatccggcatgaa 9465
Score = 32.2 bits (16), Expect = 0.021
Identities = 16/16 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3485 gtcatttataaatgac 3500
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Sbjct: 3500 gtcatttataaatgac 3485
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.33
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3552 aaataatattattt 3565
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Sbjct: 3565 aaataatattattt 3552
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.33
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1434 ctatttttctcatt 1447
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Sbjct: 3548 ctatttttctcatt 3535
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.33
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3535 aatgagaaaaatag 3548
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Sbjct: 1447 aatgagaaaaatag 1434
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9410 tgaaaatggcgc 9421
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Sbjct: 9441 tgaaaatggcgc 9430
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9430 gcgccattttca 9441
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Sbjct: 9421 gcgccattttca 9410
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 44 cacggttgtaca 55
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Sbjct: 7143 cacggttgtaca 7132
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1884 ttatttcatcta 1895
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Sbjct: 3557 ttatttcatcta 3546
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3546 tagatgaaataa 3557
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Sbjct: 1895 tagatgaaataa 1884
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7132 tgtacaaccgtg 7143
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Sbjct: 55 tgtacaaccgtg 44
Database: NAE000244.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,221
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 77
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 77
Number of successful extensions: 31
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 15
length of query: 10,221
length of database: 10,221
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,207
effective length of database: 10,207
effective search space: 104182849
effective search space used: 104182849
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)