BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000245|10437
(10,437 letters)
Database: NAE000245.fasta
1 sequences; 10,437 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000245|10437|same 2.069e+04 0.0
>NAE000245|10437|same
Length = 10437
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Strand = Plus / Plus
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Sbjct: 10261 ccagatcagggaagattacggctaaatcaaccagttcggtggtatccgacataaacggtt 10320
Query: 10321 cctgtataagacaaaaattgctgcgctttccgcttatgcagatctcatgccatgccggga 10380
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Sbjct: 10321 cctgtataagacaaaaattgctgcgctttccgcttatgcagatctcatgccatgccggga 10380
Query: 10381 taagcgccagaatgctggcttaaagttatattttttaacttttgatcaacatttgtg 10437
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Sbjct: 10381 taagcgccagaatgctggcttaaagttatattttttaacttttgatcaacatttgtg 10437
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.34
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3587 ggcaaatatttgcc 3600
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Sbjct: 3600 ggcaaatatttgcc 3587
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3055 ttatgaattact 3066
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Sbjct: 8450 ttatgaattact 8439
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3033 aatcgtcattga 3044
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Sbjct: 8302 aatcgtcattga 8291
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7748 taatggccatta 7759
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Sbjct: 7759 taatggccatta 7748
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1455 tcggtgatacgt 1466
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Sbjct: 4665 tcggtgatacgt 4654
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8439 agtaattcataa 8450
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Sbjct: 3066 agtaattcataa 3055
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8291 tcaatgacgatt 8302
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Sbjct: 3044 tcaatgacgatt 3033
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3005 aaacaccattgc 3016
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Sbjct: 3032 aaacaccattgc 3021
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3021 gcaatggtgttt 3032
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Sbjct: 3016 gcaatggtgttt 3005
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4654 acgtatcaccga 4665
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Sbjct: 1466 acgtatcaccga 1455
Database: NAE000245.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,437
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 79
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 79
Number of successful extensions: 11
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 11
length of query: 10,437
length of database: 10,437
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,423
effective length of database: 10,423
effective search space: 108638929
effective search space used: 108638929
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)