BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000253|10582
(10,582 letters)
Database: NAE000253.fasta
1 sequences; 10,582 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000253|10582|same 2.098e+04 0.0
>NAE000253|10582|same
Length = 10582
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Strand = Plus / Plus
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Sbjct: 10321 gccatgcagatgcgcaaatggtatttcaggtatacggaaaatggatgtctgaaaacaata 10380
Query: 10381 atgcacaggtagctttgttaaatacacagttaagcgagtttgccccaaccatgccccata 10440
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Sbjct: 10381 atgcacaggtagctttgttaaatacacagttaagcgagtttgccccaaccatgccccata 10440
Query: 10441 acgaagcaatgaaaaattaatttaatatttatcaaatagttaacacgcatgactcttgaa 10500
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Sbjct: 10441 acgaagcaatgaaaaattaatttaatatttatcaaatagttaacacgcatgactcttgaa 10500
Query: 10501 atccataaattcaagcgcagtgcccagccatcccgatactgctgctttcaccaaatcctt 10560
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Sbjct: 10501 atccataaattcaagcgcagtgcccagccatcccgatactgctgctttcaccaaatcctt 10560
Query: 10561 agtgcttctttcgtgtttttct 10582
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Sbjct: 10561 agtgcttctttcgtgtttttct 10582
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Strand = Plus / Minus
Query: 7196 tgaattttgtgatg 7209
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Strand = Plus / Minus
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Sbjct: 8412 agatgcgcatct 8401
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.5
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Query: 4170 ttcagggaaata 4181
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Sbjct: 6915 ttcagggaaata 6904
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.5
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Query: 6904 tatttccctgaa 6915
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Sbjct: 4181 tatttccctgaa 4170
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.5
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Query: 3637 ttgtaattacaa 3648
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Sbjct: 3648 ttgtaattacaa 3637
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Query: 9530 aaaaaatcttgc 9541
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Sbjct: 1400 aaaaaatcttgc 1389
Database: NAE000253.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,582
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
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Number of Sequences: 1
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Number of successful extensions: 22
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 12
length of query: 10,582
length of database: 10,582
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effective search space used: 111682624
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