BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000265|10194
(10,194 letters)
Database: NAE000265.fasta
1 sequences; 10,194 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000265|10194|same 2.021e+04 0.0
>NAE000265|10194|same
Length = 10194
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Strand = Plus / Plus
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Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4161 agattatcgccga 4173
|||||||||||||
Sbjct: 6662 agattatcgccga 6650
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6650 tcggcgataatct 6662
|||||||||||||
Sbjct: 4173 tcggcgataatct 4161
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2350 tggttgatggaa 2361
||||||||||||
Sbjct: 5442 tggttgatggaa 5431
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4040 ttgtttaaacaa 4051
||||||||||||
Sbjct: 4051 ttgtttaaacaa 4040
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2401 cgcgtcgacgcg 2412
||||||||||||
Sbjct: 2412 cgcgtcgacgcg 2401
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5431 ttccatcaacca 5442
||||||||||||
Sbjct: 2361 ttccatcaacca 2350
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 971 gcggaacatctg 982
||||||||||||
Sbjct: 2308 gcggaacatctg 2297
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2297 cagatgttccgc 2308
||||||||||||
Sbjct: 982 cagatgttccgc 971
Database: NAE000265.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,194
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 62
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 62
Number of successful extensions: 16
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 10
length of query: 10,194
length of database: 10,194
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,180
effective length of database: 10,180
effective search space: 103632400
effective search space used: 103632400
T: 0
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X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)