BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000267|10134
(10,134 letters)
Database: NAE000267.fasta
1 sequences; 10,134 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000267|10134|same 2.009e+04 0.0
>NAE000267|10134|same
Length = 10134
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Identities = 10134/10134 (100%)
Strand = Plus / Plus
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Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4988 cgatatatatcg 4999
||||||||||||
Sbjct: 4999 cgatatatatcg 4988
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9284 tttaaaggcgat 9295
||||||||||||
Sbjct: 4649 tttaaaggcgat 4638
Database: NAE000267.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,134
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 62
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 62
Number of successful extensions: 12
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 8
length of query: 10,134
length of database: 10,134
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,120
effective length of database: 10,120
effective search space: 102414400
effective search space used: 102414400
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)