BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000288|9889
(9889 letters)
Database: NAE000288.fasta
1 sequences; 9889 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000288|9889|same 1.960e+04 0.0
>NAE000288|9889|same
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Strand = Plus / Plus
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Sbjct: 3793 ttcgaattcgaa 3782
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.8
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4888 ttccttattgag 4899
||||||||||||
Sbjct: 3342 ttccttattgag 3331
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.8
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 698 tggtgctgatga 709
||||||||||||
Sbjct: 3243 tggtgctgatga 3232
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.8
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2966 agcctgagttcg 2977
||||||||||||
Sbjct: 2997 agcctgagttcg 2986
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.8
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2986 cgaactcaggct 2997
||||||||||||
Sbjct: 2977 cgaactcaggct 2966
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.8
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 173 tgctgcgccagc 184
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Sbjct: 1787 tgctgcgccagc 1776
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.8
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5824 tcttttcattat 5835
||||||||||||
Sbjct: 1739 tcttttcattat 1728
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.8
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6495 aatcttcatgaa 6506
||||||||||||
Sbjct: 1709 aatcttcatgaa 1698
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.8
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3232 tcatcagcacca 3243
||||||||||||
Sbjct: 709 tcatcagcacca 698
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.8
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1776 gctggcgcagca 1787
||||||||||||
Sbjct: 184 gctggcgcagca 173
Database: NAE000288.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 9889
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 83
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 83
Number of successful extensions: 29
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 19
length of query: 9889
length of database: 9889
effective HSP length: 14
effective length of query: 9875
effective length of database: 9875
effective search space: 97515625
effective search space used: 97515625
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)