BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000299|10036
(10,036 letters)
Database: NAE000299.fasta
1 sequences; 10,036 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000299|10036|same 1.990e+04 0.0
>NAE000299|10036|same
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Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8168 gcagttttacaa 8179
||||||||||||
Sbjct: 8357 gcagttttacaa 8346
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7987 aacgtgaagaag 7998
||||||||||||
Sbjct: 8248 aacgtgaagaag 8237
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8346 ttgtaaaactgc 8357
||||||||||||
Sbjct: 8179 ttgtaaaactgc 8168
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8237 cttcttcacgtt 8248
||||||||||||
Sbjct: 7998 cttcttcacgtt 7987
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9332 cccctatttttc 9343
||||||||||||
Sbjct: 5994 cccctatttttc 5983
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1858 tgagcgtgattt 1869
||||||||||||
Sbjct: 5304 tgagcgtgattt 5293
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5293 aaatcacgctca 5304
||||||||||||
Sbjct: 1869 aaatcacgctca 1858
Database: NAE000299.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,036
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 107
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 107
Number of successful extensions: 31
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 13
length of query: 10,036
length of database: 10,036
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,022
effective length of database: 10,022
effective search space: 100440484
effective search space used: 100440484
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)