BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000302|10264
(10,264 letters)
Database: NAE000302.fasta
1 sequences; 10,264 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000302|10264|diff 2.034e+04 0.0
>NAE000302|10264|diff
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Strand = Plus / Plus
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Query: 647 ctggaatattcag 659
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Sbjct: 9474 ctggaatattcag 9462
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
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Strand = Plus / Minus
Query: 1040 gcgcctgcaccag 1052
|||||||||||||
Sbjct: 4027 gcgcctgcaccag 4015
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Strand = Plus / Minus
Query: 773 attgctggtgtgg 785
|||||||||||||
Sbjct: 3584 attgctggtgtgg 3572
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Strand = Plus / Minus
Query: 4015 ctggtgcaggcgc 4027
|||||||||||||
Sbjct: 1052 ctggtgcaggcgc 1040
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Query: 3572 ccacaccagcaat 3584
|||||||||||||
Sbjct: 785 ccacaccagcaat 773
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Strand = Plus / Minus
Query: 9462 ctgaatattccag 9474
|||||||||||||
Sbjct: 659 ctgaatattccag 647
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Query: 7983 tattcgcgcgta 7994
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Query: 9831 tacgcgcgaata 9842
||||||||||||
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Query: 3300 gccagcgcgtcg 3311
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||||||||||||
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||||||||||||
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Sbjct: 3818 tattaatcctgt 3807
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Query: 1806 cctgcatgttca 1817
||||||||||||
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Query: 2922 tgaacatgcagg 2933
||||||||||||
Sbjct: 1817 tgaacatgcagg 1806
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
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Query: 388 atcagcaagaaa 399
||||||||||||
Sbjct: 1630 atcagcaagaaa 1619
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
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Query: 1619 tttcttgctgat 1630
||||||||||||
Sbjct: 399 tttcttgctgat 388
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
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Strand = Plus / Minus
Query: 7053 atctcgcggatc 7064
||||||||||||
Sbjct: 298 atctcgcggatc 287
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
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Query: 3807 acaggattaata 3818
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Sbjct: 193 acaggattaata 182
Database: NAE000302.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,264
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 122
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 122
Number of successful extensions: 38
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 20
length of query: 10,264
length of database: 10,264
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,250
effective length of database: 10,250
effective search space: 105062500
effective search space used: 105062500
T: 0
A: 0
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X2: 15 (29.7 bits)
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S2: 12 (24.3 bits)