BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000311|10461
(10,461 letters)
Database: NAE000311.fasta
1 sequences; 10,461 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000311|10461|same 2.074e+04 0.0
>NAE000311|10461|same
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Query: 10321 taaaacgctggggctggcaacactgtgcattggcggcggtcagggaattgcgatggtgat 10380
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Sbjct: 10321 taaaacgctggggctggcaacactgtgcattggcggcggtcagggaattgcgatggtgat 10380
Query: 10381 tgaacggttgaattaatcaataaaaacacccgatagcgaaagttatcgggtgttttcttg 10440
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Sbjct: 10381 tgaacggttgaattaatcaataaaaacacccgatagcgaaagttatcgggtgttttcttg 10440
Query: 10441 aacatcgacggcgaaggtaac 10461
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Sbjct: 10441 aacatcgacggcgaaggtaac 10461
Score = 42.1 bits (21), Expect = 2e-05
Identities = 36/41 (87%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6366 gctatgcagaaatttgcacagtgcgcaattttctgcatagc 6406
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Sbjct: 6406 gctatgcagaaaattgcgcactgtgcaaatttctgcatagc 6366
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.4
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 10403 aaaacacccgata 10415
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Sbjct: 10436 aaaacacccgata 10424
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.4
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 10424 tatcgggtgtttt 10436
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Sbjct: 10415 tatcgggtgtttt 10403
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.4
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1918 ttcttccagtcgc 1930
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Sbjct: 8584 ttcttccagtcgc 8572
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.4
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8572 gcgactggaagaa 8584
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Sbjct: 1930 gcgactggaagaa 1918
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5412 cagcccggcgat 5423
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Sbjct: 8383 cagcccggcgat 8372
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5956 tttttgcaaaaa 5967
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Sbjct: 5967 tttttgcaaaaa 5956
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8372 atcgccgggctg 8383
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Sbjct: 5423 atcgccgggctg 5412
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4099 tccagtactgga 4110
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Sbjct: 4110 tccagtactgga 4099
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2286 ccatccggatgg 2297
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Sbjct: 2297 ccatccggatgg 2286
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 479 ggatgatcatcc 490
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Sbjct: 490 ggatgatcatcc 479
Database: NAE000311.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,461
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 84
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 84
Number of successful extensions: 28
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 12
length of query: 10,461
length of database: 10,461
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effective length of query: 10,447
effective length of database: 10,447
effective search space: 109139809
effective search space used: 109139809
T: 0
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X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)