BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000324|10031
(10,031 letters)
Database: NAE000324.fasta
1 sequences; 10,031 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000324|10031|same 1.989e+04 0.0
>NAE000324|10031|same
Length = 10031
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Strand = Plus / Plus
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Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7722 gcagtgcactgc 7733
||||||||||||
Sbjct: 7733 gcagtgcactgc 7722
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9418 cgatgctgataa 9429
||||||||||||
Sbjct: 7311 cgatgctgataa 7300
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3699 cgatgctgataa 3710
||||||||||||
Sbjct: 7311 cgatgctgataa 7300
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3296 ggtcgcctgact 3307
||||||||||||
Sbjct: 5834 ggtcgcctgact 5823
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7300 ttatcagcatcg 7311
||||||||||||
Sbjct: 3710 ttatcagcatcg 3699
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5823 agtcaggcgacc 5834
||||||||||||
Sbjct: 3307 agtcaggcgacc 3296
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 961 aattaacaccct 972
||||||||||||
Sbjct: 1699 aattaacaccct 1688
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9047 gatgatgactac 9058
||||||||||||
Sbjct: 1499 gatgatgactac 1488
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1688 agggtgttaatt 1699
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Sbjct: 972 agggtgttaatt 961
Database: NAE000324.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,031
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 92
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 92
Number of successful extensions: 38
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 16
length of query: 10,031
length of database: 10,031
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,017
effective length of database: 10,017
effective search space: 100340289
effective search space used: 100340289
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)