BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000366|10405
(10,405 letters)
Database: NAE000366.fasta
1 sequences; 10,405 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000366|10405|same 2.063e+04 0.0
>NAE000366|10405|same
Length = 10405
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Identities = 10405/10405 (100%)
Strand = Plus / Plus
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Sbjct: 10261 ctgaataagcccgatatagacattttaaaatattcattatcagtcaatgcattacatgta 10320
Query: 10321 attttagtaatgaaaaagagtaattcgtgacccaggtcacacctctcatttacgggttgg 10380
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Sbjct: 10321 attttagtaatgaaaaagagtaattcgtgacccaggtcacacctctcatttacgggttgg 10380
Query: 10381 cgaaagatcaaccaatgccgtattt 10405
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Sbjct: 10381 cgaaagatcaaccaatgccgtattt 10405
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Identities = 16/16 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1811 tctgcaattaagccgc 1826
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Sbjct: 5563 tctgcaattaagccgc 5548
Score = 32.2 bits (16), Expect = 0.022
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Strand = Plus / Minus
Query: 5548 gcggcttaattgcaga 5563
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Sbjct: 1826 gcggcttaattgcaga 1811
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Strand = Plus / Minus
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Query: 3830 tctctttcagcg 3841
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Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
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Query: 9528 cagatgcgtttt 9539
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Sbjct: 6117 cagatgcgtttt 6106
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
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Query: 7121 cgctgaaagaga 7132
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Sbjct: 3841 cgctgaaagaga 3830
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
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Query: 7879 ctggatcaagaa 7890
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Sbjct: 1554 ctggatcaagaa 1543
Database: NAE000366.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,405
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 110
Number of Sequences: 1
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Number of successful extensions: 40
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 20
length of query: 10,405
length of database: 10,405
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effective length of query: 10,391
effective length of database: 10,391
effective search space: 107972881
effective search space used: 107972881
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S2: 12 (24.3 bits)