BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000375|10362
(10,362 letters)
Database: NAE000375.fasta
1 sequences; 10,362 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000375|10362|same 2.054e+04 0.0
>NAE000375|10362|same
Length = 10362
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Strand = Plus / Plus
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Sbjct: 10261 tcacagatttctcatctgaatcaccttgcttttggcgaaaaaatccccgcagagcggggc 10320
Query: 10321 tcagacagatatcaatgtgcgctttgtcatgccggatgcggc 10362
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Sbjct: 10321 tcagacagatatcaatgtgcgctttgtcatgccggatgcggc 10362
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.34
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4847 ccagcgcgcgctgg 4860
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Sbjct: 4860 ccagcgcgcgctgg 4847
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.34
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3868 tggcggcgatgatc 3881
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Sbjct: 4713 tggcggcgatgatc 4700
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.34
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4700 gatcatcgccgcca 4713
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Sbjct: 3881 gatcatcgccgcca 3868
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
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Strand = Plus / Minus
Query: 5625 ttgaactcaatca 5637
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Sbjct: 8202 ttgaactcaatca 8190
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
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Strand = Plus / Minus
Query: 5185 agcggcagaaatt 5197
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Sbjct: 5919 agcggcagaaatt 5907
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
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Strand = Plus / Minus
Query: 8190 tgattgagttcaa 8202
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Sbjct: 5637 tgattgagttcaa 5625
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
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Strand = Plus / Minus
Query: 5907 aatttctgccgct 5919
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Sbjct: 5197 aatttctgccgct 5185
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
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Strand = Plus / Minus
Query: 23 cggcttcggtata 35
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Sbjct: 1324 cggcttcggtata 1312
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
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Strand = Plus / Minus
Query: 1312 tataccgaagccg 1324
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Sbjct: 35 tataccgaagccg 23
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
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Strand = Plus / Minus
Query: 1476 taacctggccgc 1487
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Sbjct: 9808 taacctggccgc 9797
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
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Strand = Plus / Minus
Query: 207 cacagcgcatta 218
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Sbjct: 8621 cacagcgcatta 8610
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
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Strand = Plus / Minus
Query: 5196 ttatccagcata 5207
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Sbjct: 5823 ttatccagcata 5812
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
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Strand = Plus / Minus
Query: 5563 ctggttaaccag 5574
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Sbjct: 5574 ctggttaaccag 5563
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5812 tatgctggataa 5823
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Sbjct: 5207 tatgctggataa 5196
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2291 ccgatttctcag 2302
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Sbjct: 2887 ccgatttctcag 2876
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2876 ctgagaaatcgg 2887
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Sbjct: 2302 ctgagaaatcgg 2291
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9797 gcggccaggtta 9808
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Sbjct: 1487 gcggccaggtta 1476
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.3
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8610 taatgcgctgtg 8621
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Sbjct: 218 taatgcgctgtg 207
Database: NAE000375.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,362
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 105
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 105
Number of successful extensions: 31
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 19
length of query: 10,362
length of database: 10,362
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,348
effective length of database: 10,348
effective search space: 107081104
effective search space used: 107081104
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)