BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000381|10512
(10,512 letters)
Database: NAE000381.fasta
1 sequences; 10,512 total letters
Searching.done
Score E
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Query: 10321 tctgaagagtagattgctaccccacctggggcgtagcccaataatgtcccgaacggggca 10380
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Sbjct: 10321 tctgaagagtagattgctaccccacctggggcgtagcccaataatgtcccgaacggggca 10380
Query: 10381 tcctggctggtcgttcctttgctcatcactttacctttaacaatacaacctaagcagttg 10440
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Sbjct: 10381 tcctggctggtcgttcctttgctcatcactttacctttaacaatacaacctaagcagttg 10440
Query: 10441 gcgtaattgttgtgctctgattacctgctcagcgacattaaccggacagaggtcagacta 10500
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Sbjct: 10441 gcgtaattgttgtgctctgattacctgctcagcgacattaaccggacagaggtcagacta 10500
Query: 10501 atcatacacctc 10512
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Sbjct: 10501 atcatacacctc 10512
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Strand = Plus / Minus
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Strand = Plus / Minus
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Sbjct: 8511 ataatcagtacgggg 8497
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Sbjct: 3801 tgctgtacagca 3790
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Sbjct: 3224 ggaaggtgcgaa 3213
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
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Query: 3213 ttcgcaccttcc 3224
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Sbjct: 2041 ttcgcaccttcc 2030
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
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Query: 5127 atcaggaaagcg 5138
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Sbjct: 1669 atcaggaaagcg 1658
Database: NAE000381.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,512
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
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Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
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length of database: 10,512
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effective length of query: 10,498
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effective search space: 110208004
effective search space used: 110208004
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