BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000385|10180
(10,180 letters)
Database: NAE000385.fasta
1 sequences; 10,180 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000385|10180|same 2.018e+04 0.0
>NAE000385|10180|same
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Sbjct: 3935 gataccgtgctggcgaa 3919
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 16/17 (94%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8970 aaaaatatgtggttaaa 8986
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Sbjct: 9232 aaaaatatgtggataaa 9216
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 16/17 (94%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9216 tttatccacatattttt 9232
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Sbjct: 8986 tttaaccacatattttt 8970
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7074 ctgctggcactga 7086
|||||||||||||
Sbjct: 7700 ctgctggcactga 7688
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7688 tcagtgccagcag 7700
|||||||||||||
Sbjct: 7086 tcagtgccagcag 7074
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 182 gttaaaaaatgag 194
|||||||||||||
Sbjct: 4962 gttaaaaaatgag 4950
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4950 ctcattttttaac 4962
|||||||||||||
Sbjct: 194 ctcattttttaac 182
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 10150 tgatgatcatca 10161
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Sbjct: 10161 tgatgatcatca 10150
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9630 catttcgaaatg 9641
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Sbjct: 9641 catttcgaaatg 9630
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7020 ctgattaatcag 7031
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Sbjct: 7031 ctgattaatcag 7020
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6973 cgttgtacaacg 6984
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Sbjct: 6984 cgttgtacaacg 6973
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6933 ggtacgcgtacc 6944
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Sbjct: 6944 ggtacgcgtacc 6933
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2565 actggtaccagt 2576
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Sbjct: 2576 actggtaccagt 2565
Database: NAE000385.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,180
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 89
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 89
Number of successful extensions: 29
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 15
length of query: 10,180
length of database: 10,180
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,166
effective length of database: 10,166
effective search space: 103347556
effective search space used: 103347556
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)