BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000388|10334
(10,334 letters)
Database: NAE000388.fasta
1 sequences; 10,334 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000388|10334|same 2.049e+04 0.0
>NAE000388|10334|same
Length = 10334
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Strand = Plus / Plus
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Query: 10261 atatgtctatagtctgataagacgaaccgcctcttctcaggcatcattactcaacgccgg 10320
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Sbjct: 10261 atatgtctatagtctgataagacgaaccgcctcttctcaggcatcattactcaacgccgg 10320
Query: 10321 atgcggcgtgaacg 10334
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Sbjct: 10321 atgcggcgtgaacg 10334
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Strand = Plus / Minus
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Sbjct: 7026 acgcatgtacatgcgt 7011
Score = 32.2 bits (16), Expect = 0.021
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Strand = Plus / Minus
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Sbjct: 4941 tcaccgttaacggtga 4926
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Sbjct: 4527 ctttttcgcagg 4516
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Strand = Plus / Minus
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Sbjct: 4446 tctcacctttga 4435
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
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Sbjct: 2887 gtggcgctggcg 2876
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
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Query: 4516 cctgcgaaaaag 4527
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Sbjct: 1685 cctgcgaaaaag 1674
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
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Query: 4435 tcaaaggtgaga 4446
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Sbjct: 1014 tcaaaggtgaga 1003
Database: NAE000388.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,334
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 93
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 93
Number of successful extensions: 29
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 15
length of query: 10,334
length of database: 10,334
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effective length of query: 10,320
effective length of database: 10,320
effective search space: 106502400
effective search space used: 106502400
T: 0
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S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)