BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000398|10646
(10,646 letters)
Database: NAE000398.fasta
1 sequences; 10,646 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000398|10646|same 2.110e+04 0.0
>NAE000398|10646|same
Length = 10646
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Strand = Plus / Plus
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Sbjct: 10321 cgcgcccattgttgggcattttggtgacatcaatcacctgcgcgttcgacagcttggctt 10380
Query: 10381 cgatgtctttaatacggccttcgcagaaaccctgctgttcacgagctgcgtggtattcgg 10440
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Sbjct: 10381 cgatgtctttaatacggccttcgcagaaaccctgctgttcacgagctgcgtggtattcgg 10440
Query: 10441 cgttttctttcaggtcgccatgctcacgcgcttccgcgatagcagcaatgatttcaggac 10500
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Sbjct: 10441 cgttttctttcaggtcgccatgctcacgcgcttccgcgatagcagcaatgatttcaggac 10500
Query: 10501 ggcgcacagatttcagaaaatccagctcttcgcgtaatttttcagcgccgcgtaaggtca 10560
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Sbjct: 10501 ggcgcacagatttcagaaaatccagctcttcgcgtaatttttcagcgccgcgtaaggtca 10560
Query: 10561 tcggaatagcttgcatttgttatacctcttgaatattcctgatagggcaagtcttcaccc 10620
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Sbjct: 10561 tcggaatagcttgcatttgttatacctcttgaatattcctgatagggcaagtcttcaccc 10620
Query: 10621 accccggctgttcggcctgcccggca 10646
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Sbjct: 10621 accccggctgttcggcctgcccggca 10646
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.36
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1703 tggtcaattgacca 1716
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Sbjct: 1716 tggtcaattgacca 1703
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Strand = Plus / Minus
Query: 8197 cagcgttttaccg 8209
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Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.4
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Sbjct: 8209 cggtaaaacgctg 8197
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Query: 6107 cgattttcgtga 6118
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Sbjct: 9232 cgattttcgtga 9221
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Strand = Plus / Minus
Query: 3291 gcaggcgaagcg 3302
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Sbjct: 8181 gcaggcgaagcg 8170
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Strand = Plus / Minus
Query: 845 tgcgatgaaaga 856
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Sbjct: 7081 tgcgatgaaaga 7070
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.5
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9221 tcacgaaaatcg 9232
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Sbjct: 6118 tcacgaaaatcg 6107
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.5
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Strand = Plus / Minus
Query: 4799 taacgtacgtta 4810
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Sbjct: 4810 taacgtacgtta 4799
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.5
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Strand = Plus / Minus
Query: 8170 cgcttcgcctgc 8181
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Sbjct: 3302 cgcttcgcctgc 3291
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.5
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Strand = Plus / Minus
Query: 7070 tctttcatcgca 7081
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Sbjct: 856 tctttcatcgca 845
Database: NAE000398.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,646
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
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Number of successful extensions: 15
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
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length of query: 10,646
length of database: 10,646
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effective length of query: 10,632
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effective search space: 113039424
effective search space used: 113039424
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