BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000404|14000
(14,000 letters)
Database: NAE000404.fasta
1 sequences; 14,000 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000404|14000|same 2.775e+04 0.0
>NAE000404|14000|same
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Strand = Plus / Plus
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||||||||||||
Sbjct: 8049 tgcgcggcgttc 8038
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.6
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6167 ccagcagtgcgc 6178
||||||||||||
Sbjct: 6487 ccagcagtgcgc 6476
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.6
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6476 gcgcactgctgg 6487
||||||||||||
Sbjct: 6178 gcgcactgctgg 6167
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.6
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1874 ctccagcacttc 1885
||||||||||||
Sbjct: 4555 ctccagcacttc 4544
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.6
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9934 caggttgaacgc 9945
||||||||||||
Sbjct: 4468 caggttgaacgc 4457
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.6
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8038 gaacgccgcgca 8049
||||||||||||
Sbjct: 4462 gaacgccgcgca 4451
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.6
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 12325 accgatggctgc 12336
||||||||||||
Sbjct: 4397 accgatggctgc 4386
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.6
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 13542 cctgccggtttc 13553
||||||||||||
Sbjct: 4370 cctgccggtttc 4359
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.6
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2540 atgatttgcagc 2551
||||||||||||
Sbjct: 3115 atgatttgcagc 3104
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.6
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2213 acttccggtctg 2224
||||||||||||
Sbjct: 3053 acttccggtctg 3042
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.6
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3104 gctgcaaatcat 3115
||||||||||||
Sbjct: 2551 gctgcaaatcat 2540
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.6
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3042 cagaccggaagt 3053
||||||||||||
Sbjct: 2224 cagaccggaagt 2213
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.6
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4544 gaagtgctggag 4555
||||||||||||
Sbjct: 1885 gaagtgctggag 1874
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.6
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1353 caatatctacaa 1364
||||||||||||
Sbjct: 1417 caatatctacaa 1406
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.6
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1406 ttgtagatattg 1417
||||||||||||
Sbjct: 1364 ttgtagatattg 1353
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.6
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 11780 ggtgcgcgcctg 11791
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Sbjct: 1188 ggtgcgcgcctg 1177
Database: NAE000404.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 14,000
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 157
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 157
Number of successful extensions: 69
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 39
length of query: 14,000
length of database: 14,000
effective HSP length: 14
effective length of query: 13,986
effective length of database: 13,986
effective search space: 195608196
effective search space used: 195608196
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)