BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000406|10747
(10,747 letters)
Database: NAE000406.fasta
1 sequences; 10,745 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000406|10745|diff 2.121e+04 0.0
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Query: 10319 gacactccgggtagcgatcacaagagtgaaatgttttgccataacgggagcggcgctgga 10378
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Sbjct: 10318 gacactccgggtagcgatcacaagagtgaaatgttttgccataacgggagcggcgctgga 10377
Query: 10379 ccagatggcccgtccgacattgggggcatgtaattgctgtttcgtccggtttatcgataa 10438
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Sbjct: 10378 ccagatggcccgtccgacattgggggcatgtaattgctgtttcgtccggtttatcgataa 10437
Query: 10439 gttcggtatgttcgcattcagggtagttaatgcaaccaataaacataccaaagcgtccct 10498
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Sbjct: 10438 gttcggtatgttcgcattcagggtagttaatgcaaccaataaacataccaaagcgtccct 10497
Query: 10499 ggcgtaataccagatttgcgccacatgcagggcaaacctgcccctccagaactttgacga 10558
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Sbjct: 10498 ggcgtaataccagatttgcgccacatgcagggcaaacctgcccctccagaactttgacga 10557
Query: 10559 tatgtccatccgctgaagatttcagaggacggacgtagtcacacgccggatactgtgagc 10618
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Sbjct: 10558 tatgtccatccgctgaagatttcagaggacggacgtagtcacacgccggatactgtgagc 10617
Query: 10619 atccaagaaacggaccgtgtttcccggatccgaataaccagttcagccccgcactttggg 10678
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Sbjct: 10618 atccaagaaacggaccgtgtttcccggat-cgaataaccagttcagccccgcactttggg 10676
Query: 10679 caggactcattattacgcaccgtgaacagtgctgatttcgccataacaacttatgctgaa 10738
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Sbjct: 10677 caggactcattattacgcaccgtgaacagtgctgatttcgccataacaacttatgctgaa 10736
Query: 10739 ttaaagaaa 10747
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Sbjct: 10737 ttaaagaaa 10745
Score = 40.1 bits (20), Expect = 1e-04
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Strand = Plus / Minus
Query: 2134 ataaaacaaaaggcccagtcttccgactgagccttttgttttat 2177
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Sbjct: 2177 ataaaacaaaaggctcagtcggaagactgggccttttgttttat 2134
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Score = 38.2 bits (19), Expect = 4e-04
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Query: 7627 agtgcccacacagattgtctgat 7649
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Sbjct: 5957 agtgctcacacagattgtctgat 5935
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Sbjct: 10148 ctatcgcagctgcgatag 10131
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Query: 4449 acgctttcttta 4460
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Sbjct: 9454 acgctttcttta 9443
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Query: 10049 tgctgtttcgct 10060
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Sbjct: 7436 tgctgtttcgct 7425
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.6
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Query: 9444 taaagaaagcgt 9455
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Sbjct: 4459 taaagaaagcgt 4448
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.6
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Strand = Plus / Minus
Query: 1652 gcaacgcgttgc 1663
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Sbjct: 1663 gcaacgcgttgc 1652
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.6
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Query: 169 ctccagctggag 180
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Sbjct: 180 ctccagctggag 169
Database: NAE000406.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,745
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 59
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 59
Number of successful extensions: 29
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 11
length of query: 10,747
length of database: 10,745
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effective length of query: 10,733
effective length of database: 10,731
effective search space: 115175823
effective search space used: 115175823
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S2: 12 (24.3 bits)