BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000419|10075
(10,075 letters)
Database: NAE000419.fasta
1 sequences; 10,075 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000419|10075|same 1.997e+04 0.0
>NAE000419|10075|same
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Strand = Plus / Plus
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Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6218 aacaacgttgtt 6229
||||||||||||
Sbjct: 6229 aacaacgttgtt 6218
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3467 gcgccagctgcc 3478
||||||||||||
Sbjct: 5699 gcgccagctgcc 5688
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4820 aattggccaatt 4831
||||||||||||
Sbjct: 4831 aattggccaatt 4820
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3741 ctgttgcaacag 3752
||||||||||||
Sbjct: 3752 ctgttgcaacag 3741
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5688 ggcagctggcgc 5699
||||||||||||
Sbjct: 3478 ggcagctggcgc 3467
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1807 gttttcaggaaa 1818
||||||||||||
Sbjct: 3009 gttttcaggaaa 2998
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2998 tttcctgaaaac 3009
||||||||||||
Sbjct: 1818 tttcctgaaaac 1807
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1022 cggaagcttccg 1033
||||||||||||
Sbjct: 1033 cggaagcttccg 1022
Database: NAE000419.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,075
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 81
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 81
Number of successful extensions: 27
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 13
length of query: 10,075
length of database: 10,075
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,061
effective length of database: 10,061
effective search space: 101223721
effective search space used: 101223721
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)