BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000437|10243
(10,243 letters)
Database: NAE000437.fasta
1 sequences; 10,243 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000437|10243|diff 2.019e+04 0.0
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Sbjct: 1037 acagacggatgccg 1024
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2 ttgatggtttgtt 14
|||||||||||||
Sbjct: 9977 ttgatggtttgtt 9965
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9965 aacaaaccatcaa 9977
|||||||||||||
Sbjct: 14 aacaaaccatcaa 2
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4213 tgatattagtgc 4224
||||||||||||
Sbjct: 7361 tgatattagtgc 7350
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4508 ctgataaaaatt 4519
||||||||||||
Sbjct: 6766 ctgataaaaatt 6755
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3766 cctgtattacaa 3777
||||||||||||
Sbjct: 5875 cctgtattacaa 5864
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5519 cctgtattacaa 5530
||||||||||||
Sbjct: 5875 cctgtattacaa 5864
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5663 tataaatttata 5674
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Sbjct: 5674 tataaatttata 5663
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4508 ctgataaaaatt 4519
||||||||||||
Sbjct: 5615 ctgataaaaatt 5604
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
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Strand = Plus / Minus
Query: 5864 ttgtaatacagg 5875
||||||||||||
Sbjct: 5530 ttgtaatacagg 5519
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6755 aatttttatcag 6766
||||||||||||
Sbjct: 4519 aatttttatcag 4508
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
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Strand = Plus / Minus
Query: 3851 aatttttatcag 3862
||||||||||||
Sbjct: 4519 aatttttatcag 4508
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
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Strand = Plus / Minus
Query: 5604 aatttttatcag 5615
||||||||||||
Sbjct: 4519 aatttttatcag 4508
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7350 gcactaatatca 7361
||||||||||||
Sbjct: 4224 gcactaatatca 4213
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4508 ctgataaaaatt 4519
||||||||||||
Sbjct: 3862 ctgataaaaatt 3851
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5864 ttgtaatacagg 5875
||||||||||||
Sbjct: 3777 ttgtaatacagg 3766
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1847 gcggtgcaccgc 1858
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Sbjct: 1858 gcggtgcaccgc 1847
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 461 gcggatatccgc 472
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Sbjct: 472 gcggatatccgc 461
Database: NAE000437.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,243
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 109
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 109
Number of successful extensions: 47
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 22
length of query: 10,243
length of database: 10,243
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,229
effective length of database: 10,229
effective search space: 104632441
effective search space used: 104632441
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)