BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000439|10120
(10,120 letters)
Database: NAE000439.fasta
1 sequences; 10,120 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000439|10120|same 2.006e+04 0.0
>NAE000439|10120|same
Length = 10120
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Strand = Plus / Plus
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Query: 1106 cttcagtaccttc 1118
|||||||||||||
Sbjct: 5262 cttcagtaccttc 5250
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5250 gaaggtactgaag 5262
|||||||||||||
Sbjct: 1118 gaaggtactgaag 1106
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5838 gagcgcattatt 5849
||||||||||||
Sbjct: 9907 gagcgcattatt 9896
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4316 cgccagcgttct 4327
||||||||||||
Sbjct: 9187 cgccagcgttct 9176
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7394 atgatttccaga 7405
||||||||||||
Sbjct: 7818 atgatttccaga 7807
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 751 ttccagcccttt 762
||||||||||||
Sbjct: 7729 ttccagcccttt 7718
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7807 tctggaaatcat 7818
||||||||||||
Sbjct: 7405 tctggaaatcat 7394
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9896 aataatgcgctc 9907
||||||||||||
Sbjct: 5849 aataatgcgctc 5838
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3850 agagcggcaaat 3861
||||||||||||
Sbjct: 5569 agagcggcaaat 5558
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9176 agaacgctggcg 9187
||||||||||||
Sbjct: 4327 agaacgctggcg 4316
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5558 atttgccgctct 5569
||||||||||||
Sbjct: 3861 atttgccgctct 3850
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7718 aaagggctggaa 7729
||||||||||||
Sbjct: 762 aaagggctggaa 751
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.0
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 577 cagcagctgctg 588
||||||||||||
Sbjct: 588 cagcagctgctg 577
Database: NAE000439.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,120
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 84
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 84
Number of successful extensions: 26
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 16
length of query: 10,120
length of database: 10,120
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,106
effective length of database: 10,106
effective search space: 102131236
effective search space used: 102131236
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)