BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000445|14159
(14,159 letters)
Database: NAE000445.fasta
1 sequences; 14,159 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000445|14159|same 2.807e+04 0.0
>NAE000445|14159|same
Length = 14159
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Strand = Plus / Plus
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Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 941 ttattgccgctt 952
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Sbjct: 7155 ttattgccgctt 7144
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.8
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1799 ggcgcggtgtta 1810
||||||||||||
Sbjct: 6292 ggcgcggtgtta 6281
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.8
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5039 ctgcgcgcgcag 5050
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Sbjct: 5050 ctgcgcgcgcag 5039
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Strand = Plus / Minus
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||||||||||||
Sbjct: 4810 ttgttgatgacc 4799
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Strand = Plus / Minus
Query: 2346 catcacccgcat 2357
||||||||||||
Sbjct: 4668 catcacccgcat 4657
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Strand = Plus / Minus
Query: 71 cgcattgccgac 82
||||||||||||
Sbjct: 3121 cgcattgccgac 3110
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||||||||||||
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||||||||||||
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||||||||||||
Sbjct: 2206 ggtcatcaacaa 2195
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||||||||||| ||||
Sbjct: 1959 atcagcaagccagcca 1944
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||||||||||||
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Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.8
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Strand = Plus / Minus
Query: 6281 taacaccgcgcc 6292
||||||||||||
Sbjct: 1810 taacaccgcgcc 1799
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.8
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Strand = Plus / Minus
Query: 7144 aagcggcaataa 7155
||||||||||||
Sbjct: 952 aagcggcaataa 941
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.8
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Strand = Plus / Minus
Query: 837 aaaggggagcgg 848
||||||||||||
Sbjct: 864 aaaggggagcgg 853
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.8
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 853 ccgctccccttt 864
||||||||||||
Sbjct: 848 ccgctccccttt 837
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.8
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3110 gtcggcaatgcg 3121
||||||||||||
Sbjct: 82 gtcggcaatgcg 71
Database: NAE000445.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 14,159
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 199
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 199
Number of successful extensions: 69
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 37
length of query: 14,159
length of database: 14,159
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effective length of query: 14,145
effective length of database: 14,145
effective search space: 200081025
effective search space used: 200081025
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S2: 12 (24.3 bits)