BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000457|10469
(10,469 letters)
Database: NAE000457.fasta
1 sequences; 10,471 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000457|10471|diff 2.069e+04 0.0
>NAE000457|10471|diff
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Strand = Plus / Plus
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Query: 10259 tggcatgtgataaacaaacatctcacccactaatttcagggcttgttcagcggtcagtac 10318
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Sbjct: 10261 tggcatgtgataaacaaacatctcacccactaatttcagggcttgttcagcggtcagtac 10320
Query: 10319 ggcagacatatcatccttacacttcattggttaatgaaatgttgattttatgcttctttg 10378
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Sbjct: 10321 ggcagacatatcatccttacacttcattggttaatgaaatgttgattttatgcttctttg 10380
Query: 10379 ttgttggtttctactttaggaagggataactaacggctatggagttaagtatgtaaaata 10438
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Sbjct: 10381 ttgttggtttctactttaggaagggataactaacggctatggagttaagtatgtaaaata 10440
Query: 10439 gcccgcagaaaaatattcaccttatcaataa 10469
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Strand = Plus / Minus
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Query: 2219 gtttcggcaccg 2230
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Sbjct: 4441 gtttcggcaccg 4430
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.4
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Sbjct: 2302 attgatatcaat 2291
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Query: 4430 cggtgccgaaac 4441
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Sbjct: 2230 cggtgccgaaac 2219
Database: NAE000457.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,471
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 78
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 78
Number of successful extensions: 26
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 12
length of query: 10,469
length of database: 10,471
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effective length of database: 10,457
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effective search space used: 109327935
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