BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000460|10190
(10,190 letters)
Database: NAE000460.fasta
1 sequences; 10,191 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000460|10191|diff 2.016e+04 0.0
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Strand = Plus / Minus
Query: 8143 atcagacaatctgtgtgggcact 8165
||||||||||||||||| |||||
Sbjct: 9857 atcagacaatctgtgtgagcact 9835
Score = 38.2 bits (19), Expect = 3e-04
Identities = 22/23 (95%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9834 agtgctcacacagattgtctgat 9856
||||| |||||||||||||||||
Sbjct: 8166 agtgcccacacagattgtctgat 8144
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.33
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3153 acgccatccaccag 3166
||||||||||||||
Sbjct: 4125 acgccatccaccag 4112
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.33
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4112 ctggtggatggcgt 4125
||||||||||||||
Sbjct: 3166 ctggtggatggcgt 3153
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 16/17 (94%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3512 accgacgataaaggctg 3528
|||| ||||||||||||
Sbjct: 6920 accgccgataaaggctg 6904
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 16/17 (94%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6904 cagcctttatcggcggt 6920
|||||||||||| ||||
Sbjct: 3528 cagcctttatcgtcggt 3512
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2589 gccagtttcaga 2600
||||||||||||
Sbjct: 5229 gccagtttcaga 5218
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 637 tcagcgccagtt 648
||||||||||||
Sbjct: 4754 tcagcgccagtt 4743
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5218 tctgaaactggc 5229
||||||||||||
Sbjct: 2600 tctgaaactggc 2589
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4743 aactggcgctga 4754
||||||||||||
Sbjct: 648 aactggcgctga 637
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 493 gcgcgatcgcgc 504
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Sbjct: 504 gcgcgatcgcgc 493
Database: NAE000460.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,191
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 95
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 95
Number of successful extensions: 33
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 12
length of query: 10,190
length of database: 10,191
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,176
effective length of database: 10,177
effective search space: 103561152
effective search space used: 103561152
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)