BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000470|10359
(10,359 letters)
Database: NAE000470.fasta
1 sequences; 10,359 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000470|10359|same 2.054e+04 0.0
>NAE000470|10359|same
Length = 10359
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Identities = 10359/10359 (100%)
Strand = Plus / Plus
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Sbjct: 10201 ctcatcagatgtccagatcttgatgaattcctatttgtgagctacgtctggacagtaact 10260
Query: 10261 tgttacaacctgtagcatccacttgccggtcctgtgagttaatagggaatccagtgcgaa 10320
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Sbjct: 10261 tgttacaacctgtagcatccacttgccggtcctgtgagttaatagggaatccagtgcgaa 10320
Query: 10321 tctggagctgacgcgcagcggtaaggaaaggtgcgatga 10359
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Sbjct: 10321 tctggagctgacgcgcagcggtaaggaaaggtgcgatga 10359
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Strand = Plus / Minus
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Sbjct: 9906 tcaaccagttgatga 9892
Score = 30.2 bits (15), Expect = 0.085
Identities = 15/15 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9892 tcatcaactggttga 9906
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Sbjct: 804 tcatcaactggttga 790
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Sbjct: 3638 aacagtgccgga 3627
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
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Query: 7542 gcaaccgccgcc 7553
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Sbjct: 3036 gcaaccgccgcc 3025
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
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Sbjct: 2367 gctgtgccgccg 2356
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
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Query: 3627 tccggcactgtt 3638
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Sbjct: 427 tccggcactgtt 416
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
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Query: 3627 tccggcactgtt 3638
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Sbjct: 304 tccggcactgtt 293
Database: NAE000470.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,359
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 106
Number of Sequences: 1
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Number of successful extensions: 40
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 18
length of query: 10,359
length of database: 10,359
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effective length of query: 10,345
effective length of database: 10,345
effective search space: 107019025
effective search space used: 107019025
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X2: 15 (29.7 bits)
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S2: 12 (24.3 bits)