BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000484|10020
(10,020 letters)
Database: NAE000484.fasta
1 sequences; 10,020 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000484|10020|same 1.986e+04 0.0
>NAE000484|10020|same
Length = 10020
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Strand = Plus / Plus
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Strand = Plus / Minus
Query: 5521 gcatcaggccaatttc 5536
||||||||||| ||||
Sbjct: 9196 gcatcaggccattttc 9181
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2811 ataactgagttt 2822
||||||||||||
Sbjct: 7774 ataactgagttt 7763
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5209 tcagggcaatat 5220
||||||||||||
Sbjct: 6398 tcagggcaatat 6387
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 15/16 (93%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9181 gaaaatggcctgatgc 9196
|||| |||||||||||
Sbjct: 5536 gaaattggcctgatgc 5521
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6387 atattgccctga 6398
||||||||||||
Sbjct: 5220 atattgccctga 5209
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4456 tcagcgcgctga 4467
||||||||||||
Sbjct: 4467 tcagcgcgctga 4456
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7763 aaactcagttat 7774
||||||||||||
Sbjct: 2822 aaactcagttat 2811
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2048 cgtagcgctacg 2059
||||||||||||
Sbjct: 2059 cgtagcgctacg 2048
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1601 gtctttaaagac 1612
||||||||||||
Sbjct: 1612 gtctttaaagac 1601
Database: NAE000484.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,020
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 73
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 73
Number of successful extensions: 27
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 15
length of query: 10,020
length of database: 10,020
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,006
effective length of database: 10,006
effective search space: 100120036
effective search space used: 100120036
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)