BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000487|13889
(13,889 letters)
Database: NAE000487.fasta
1 sequences; 13,889 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000487|13889|same 2.753e+04 0.0
>NAE000487|13889|same
Length = 13889
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Strand = Plus / Plus
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Query: 4760 gataaggcgttt 4771
||||||||||||
Sbjct: 7824 gataaggcgttt 7813
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9598 gccggtttgcca 9609
||||||||||||
Sbjct: 7649 gccggtttgcca 7638
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 13570 tgctcacacaac 13581
||||||||||||
Sbjct: 6615 tgctcacacaac 6604
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 12313 aacacgctggaa 12324
||||||||||||
Sbjct: 5424 aacacgctggaa 5413
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2567 gcggcgtaaacg 2578
||||||||||||
Sbjct: 4778 gcggcgtaaacg 4767
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7813 aaacgccttatc 7824
||||||||||||
Sbjct: 4771 aaacgccttatc 4760
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 12351 gcgttcctgcag 12362
||||||||||||
Sbjct: 3618 gcgttcctgcag 3607
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2645 tcggtgcaccga 2656
||||||||||||
Sbjct: 2656 tcggtgcaccga 2645
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.4
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Strand = Plus / Minus
Query: 4767 cgtttacgccgc 4778
||||||||||||
Sbjct: 2578 cgtttacgccgc 2567
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 13182 aacgatgccgcc 13193
||||||||||||
Sbjct: 2255 aacgatgccgcc 2244
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8373 gattatcttagt 8384
||||||||||||
Sbjct: 1759 gattatcttagt 1748
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9326 caggcggcgtcg 9337
||||||||||||
Sbjct: 1697 caggcggcgtcg 1686
Score = 24.3 bits (12), Expect = 9.4
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 10987 cggtgccagttc 10998
||||||||||||
Sbjct: 1486 cggtgccagttc 1475
Database: NAE000487.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 13,889
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 160
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 160
Number of successful extensions: 62
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 38
length of query: 13,889
length of database: 13,889
effective HSP length: 14
effective length of query: 13,875
effective length of database: 13,875
effective search space: 192515625
effective search space used: 192515625
T: 0
A: 0
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X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)