BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000488|10003
(10,003 letters)
Database: NAE000488.fasta
1 sequences; 10,003 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000488|10003|same 1.983e+04 0.0
>NAE000488|10003|same
Length = 10003
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Strand = Plus / Plus
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Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3727 acctttgcccgc 3738
||||||||||||
Sbjct: 5310 acctttgcccgc 5299
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2927 cgctgttagcga 2938
||||||||||||
Sbjct: 4943 cgctgttagcga 4932
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5299 gcgggcaaaggt 5310
||||||||||||
Sbjct: 3738 gcgggcaaaggt 3727
Score = 24.3 bits (12), Expect = 4.9
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4932 tcgctaacagcg 4943
||||||||||||
Sbjct: 2938 tcgctaacagcg 2927
Database: NAE000488.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,003
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 93
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 93
Number of successful extensions: 33
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 9
length of query: 10,003
length of database: 10,003
effective HSP length: 14
effective length of query: 9989
effective length of database: 9989
effective search space: 99780121
effective search space used: 99780121
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)