BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000492|10181
(10,181 letters)
Database: NAE000492.fasta
1 sequences; 10,181 total letters
Searching.done
Score E
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NAE000492|10181|same 2.018e+04 0.0
>NAE000492|10181|same
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Query: 5476 cagccaggcaatggg 5490
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Sbjct: 4118 cagccaggcaatggg 4104
Score = 28.2 bits (14), Expect = 0.32
Identities = 14/14 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7481 cggcaaatttgccg 7494
||||||||||||||
Sbjct: 7494 cggcaaatttgccg 7481
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2106 cgaactgctggaa 2118
|||||||||||||
Sbjct: 4064 cgaactgctggaa 4052
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4052 ttccagcagttcg 4064
|||||||||||||
Sbjct: 2118 ttccagcagttcg 2106
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8382 ggcgttaacgcc 8393
||||||||||||
Sbjct: 8393 ggcgttaacgcc 8382
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 680 gctggcgggtga 691
||||||||||||
Sbjct: 3908 gctggcgggtga 3897
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 734 tcaccacgccgc 745
||||||||||||
Sbjct: 3516 tcaccacgccgc 3505
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3505 gcggcgtggtga 3516
||||||||||||
Sbjct: 745 gcggcgtggtga 734
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3897 tcacccgccagc 3908
||||||||||||
Sbjct: 691 tcacccgccagc 680
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 494 aatattaatatt 505
||||||||||||
Sbjct: 505 aatattaatatt 494
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 113 gatattaatatc 124
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Sbjct: 124 gatattaatatc 113
Database: NAE000492.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,181
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 93
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 93
Number of successful extensions: 17
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 13
length of query: 10,181
length of database: 10,181
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,167
effective length of database: 10,167
effective search space: 103367889
effective search space used: 103367889
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)