BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000497|10334
(10,334 letters)
Database: NAE000497.fasta
1 sequences; 10,334 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000497|10334|same 2.049e+04 0.0
>NAE000497|10334|same
Length = 10334
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Strand = Plus / Plus
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Sbjct: 10321 ggcgcttgcatggt 10334
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Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2326 caagcgccagctt 2338
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Sbjct: 10328 caagcgccagctt 10316
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Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1580 tggttttacccgt 1592
|||||||||||||
Sbjct: 8013 tggttttacccgt 8001
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
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Strand = Plus / Minus
Query: 4621 tgccgattatcaa 4633
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Sbjct: 5407 tgccgattatcaa 5395
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
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Strand = Plus / Minus
Query: 5395 ttgataatcggca 5407
|||||||||||||
Sbjct: 4633 ttgataatcggca 4621
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 748 ccttctgtggtgg 760
|||||||||||||
Sbjct: 2928 ccttctgtggtgg 2916
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
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Strand = Plus / Minus
Query: 10316 aagctggcgcttg 10328
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Sbjct: 2338 aagctggcgcttg 2326
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
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Strand = Plus / Minus
Query: 8001 acgggtaaaacca 8013
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Sbjct: 1592 acgggtaaaacca 1580
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
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Strand = Plus / Minus
Query: 2916 ccaccacagaagg 2928
|||||||||||||
Sbjct: 760 ccaccacagaagg 748
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Strand = Plus / Minus
Query: 3931 ggttttacccgt 3942
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Sbjct: 8012 ggttttacccgt 8001
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Strand = Plus / Minus
Query: 1952 gattaccggttc 1963
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Sbjct: 7291 gattaccggttc 7280
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
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Strand = Plus / Minus
Query: 5641 atttgctcgatg 5652
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Sbjct: 6903 atttgctcgatg 6892
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Strand = Plus / Minus
Query: 498 ggcaatgatcct 509
||||||||||||
Sbjct: 6321 ggcaatgatcct 6310
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
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Query: 6892 catcgagcaaat 6903
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Sbjct: 5652 catcgagcaaat 5641
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||||||||||||
Sbjct: 4025 taattgcccgca 4014
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
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Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
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Query: 4014 tgcgggcaatta 4025
||||||||||||
Sbjct: 3581 tgcgggcaatta 3570
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
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Strand = Plus / Minus
Query: 2390 aataaagggagc 2401
||||||||||||
Sbjct: 2417 aataaagggagc 2406
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
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Strand = Plus / Minus
Query: 2406 gctccctttatt 2417
||||||||||||
Sbjct: 2401 gctccctttatt 2390
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
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Query: 7280 gaaccggtaatc 7291
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Sbjct: 1963 gaaccggtaatc 1952
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.2
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6310 aggatcattgcc 6321
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Sbjct: 509 aggatcattgcc 498
Database: NAE000497.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,334
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 107
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 107
Number of successful extensions: 37
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 21
length of query: 10,334
length of database: 10,334
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effective length of query: 10,320
effective length of database: 10,320
effective search space: 106502400
effective search space used: 106502400
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X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)