BLASTN 2.2.8 [Jan-05-2004]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= AE000499|10244
(10,244 letters)
Database: NAE000499.fasta
1 sequences; 10,244 total letters
Searching.done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
NAE000499|10244|same 2.031e+04 0.0
>NAE000499|10244|same
Length = 10244
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Strand = Plus / Plus
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Query: 944 aaaaaggctactgtagattcaatctgtcaatgcaaca 980
||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct: 2186 aaaaaagcaactgtagattcaattggtcaacgcaaca 2150
Score = 34.2 bits (17), Expect = 0.005
Identities = 32/37 (86%)
Strand = Plus / Minus
Query: 2150 tgttgcgttgaccaattgaatctacagttgctttttt 2186
|||||| ||||| |||||||||||||| || |||||
Sbjct: 980 tgttgcattgacagattgaatctacagtagccttttt 944
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 8419 cgtcagcgcgccg 8431
|||||||||||||
Sbjct: 9688 cgtcagcgcgccg 9676
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9676 cggcgcgctgacg 9688
|||||||||||||
Sbjct: 8431 cggcgcgctgacg 8419
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1473 ttcactatgttaa 1485
|||||||||||||
Sbjct: 2002 ttcactatgttaa 1990
Score = 26.3 bits (13), Expect = 1.3
Identities = 13/13 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1990 ttaacatagtgaa 2002
|||||||||||||
Sbjct: 1485 ttaacatagtgaa 1473
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3912 cgcgtttttcgt 3923
||||||||||||
Sbjct: 10161 cgcgtttttcgt 10150
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7148 gatggacggcat 7159
||||||||||||
Sbjct: 9586 gatggacggcat 9575
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 9575 atgccgtccatc 9586
||||||||||||
Sbjct: 7159 atgccgtccatc 7148
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3821 tccgctctggca 3832
||||||||||||
Sbjct: 7058 tccgctctggca 7047
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 4541 tcggttaaccga 4552
||||||||||||
Sbjct: 4552 tcggttaaccga 4541
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 10150 acgaaaaacgcg 10161
||||||||||||
Sbjct: 3923 acgaaaaacgcg 3912
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 7047 tgccagagcgga 7058
||||||||||||
Sbjct: 3832 tgccagagcgga 3821
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 3523 gacgggcccgtc 3534
||||||||||||
Sbjct: 3534 gacgggcccgtc 3523
Score = 24.3 bits (12), Expect = 5.1
Identities = 12/12 (100%)
Strand = Plus / Minus
Query: 1085 aagacatgtctt 1096
||||||||||||
Sbjct: 1096 aagacatgtctt 1085
Database: NAE000499.fasta
Posted date: May 26, 2005 3:22 PM
Number of letters in database: 10,244
Number of sequences in database: 1
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 102
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 102
Number of successful extensions: 26
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 16
length of query: 10,244
length of database: 10,244
effective HSP length: 14
effective length of query: 10,230
effective length of database: 10,230
effective search space: 104652900
effective search space used: 104652900
T: 0
A: 0
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 12 (24.3 bits)